손 총장은 취임 후부터 제시했던 목표인 ‘2010년까지 세계 100위 안의 대학이 되는 것’을 이루기 위해 지난 6개월 간 외부 컨설팅과 내부 의견 수렴 등을 거쳐 교수 역량 강화, 학사 혁신, 행정개혁, 재정 확충, 국제화 강화, 시설 확충 등 6대 핵심 세부 발전안을 세웠다. 이중 가장 핵심이 되는 교수 역량 강화 부문을 위해 목표관리제(MBO)가 시행된다. 

목표관리제란 기존의 중앙집권적 시스템을 단과대학 중심의 책임경영제로 바꾸어 단과대별로 발전계획 수립에 따른 목표관리를 하게 하는 것이다. 이에 교수들의 교육 및 연구 업적을 평가해 상위 50%에 해당하는 교수에게 지원금을 차등 지급하며, 학부 및 전문대학별로 목표치 달성 순위를 매겨 1개 최우수 대학은 2억원, 2개 우수대학은 각각 1억원씩 인센티브를 지급하게 된다. 또한 전체 교수 가운데 50%에 해당하는 상위그룹을 등급으로 구분해 매년 급여와 별도로 10억원의 재원을 확보하여 포상하는 인센티브 제도를 강화했다.

이외에도 인성을 갖춘 글로벌 인재육성을 위한 인성교육원 건립, 졸업인증제, 전 세계의 226개에 달하는 예수회 대학의 네트워크를 활용하는 등의 구체적인 발전 방안이 마련됐다.

모교는 개교 50주년이 되는 2010년에 국내 4위, 아시아 10위, 세계 100위 대학으로 진입한다는 목표를 달성하기 위해 장학금 수혜율과 기숙사 수용률을 높여 학생들의 복지를 증대하는 한편 교수들이 훌륭한 연구 실적을 낼 수 있도록 박차를 가하고 있다.